El agente etiológico de la fiebre aftosa es un virus que pertenece a la familia Picornaviridae, sensible al PH. Su naturaleza viral fue mencionada por la primera vez, en 1897 por Loeffler y Frosch. Son conocidos siete diferentes tipos inmunologicamente distintos (A, O, C, SAT1, SAT2, SAT3, Asia1).

No hay inmunidad cruzada entre los siete tipos de virus, de modo que animales que se hallan en el primer período de convalecencia y perfectamente protegidos contra el tipo de virus que les ocasionó la enfermedad, no lo están para los otros tipos. Dentro de cada uno de los siete tipos conocidos se han identificado cepas diferentes entre si, las cuales se agrupan en subtipos de acuerdo con su estructura antigénica.