El objetivo de la cooperación técnica en Inocuidad de Alimentos de PANALIMENTOS  es actuar como un centro de enlace y consulta basado en la difusión de información actualizada, relevante y capacitación efectiva. Tiene capacidad de movilizar profesionales especializados en los pilares fundamentales de un sistema de inocuidad de alimentos: leyes, inspección, vigilancia, diagnostico laboratorial y educación-comunicación. 

Esto facilita la cooperación, viabiliza acuerdos, proyectos conjuntos, misiones. Las prioridades están basadas en mejorar el marco legal de los países en inocuidad de alimentos con énfasis en aspectos de salud pública; fortalecer la vigilancia de las enfermedades de transmisión alimentaria y el monitoreo de los contaminantes de los alimentos a lo largo de la cadena alimentaria; mejorar la capacidad de análisis de riesgo; mejorar la capacidad de  gestionar  eficazmente los riesgos y promocionar la educación del consumidor en aspectos de inocuidad de alimentos.