El Sistema Nacional de Salud en México, en su funcionamiento presenta segmentación y fragmentación. Coexisten distintos aseguradores que actúan de manera independiente y desarticulada y el acceso a uno u otro está en función de la inserción laboral y la capacidad de pago de las familias. Los aseguradores principales son el Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) que cubre al 43.3% de la población total del país, el Instituto de Seguridad y Servicios Sociales para los Trabajadores del Estado (ISSSTE) que cubre alrededor del 7% y Petróleos Mexicanos (PEMEX), Fuerzas Armadas, Secretaría de Marina y varios aseguradores para trabajadores estatales cubriendo alrededor del 5.9% de la población.

Las personas que trabajan en el empleo informal o desempleadas, tienen como alternativa los servicios que ofrece la Secretaría de Salud (SSA) a través del Seguro Popular (SP) que incluye 266 intervenciones de acuerdo al Catálogo Universal de Servicios de Salud (CAUSES). Es importante señalar que es la propia Secretaría de Salud quien cumple con la función rectora del Sistema Nacional de Salud.

Además de lo anterior, en México existe un sector privado lucrativo de servicios de salud al cual acuden personas sin acceso a alguno de los aseguradores antes señalados y personas que aún teniendo un asegurador realizan un gasto de bolsillo y acuden al sector lucrativo en busca de una mejor respuesta.

Estas diferencias en los aseguradores, también marca diferencias en los beneficios que recibe la población, pero la mayor dificultad que este modelo ofrece es la limitación para implantar a nivel nacional estrategias de salud pública uniformes y el llevar un adecuado registro epidemiológico. Pese a que se cuenta con un Sistema Nacional de Vigilancia Epidemiológica al cual están obligados los aseguradores a reportar, no se ha logrado que el sector privado lucrativo se incorpore a esta obligación y en consecuencia se pierde información fundamental sobre la situación de salud del país y las estrategias nacionales limitan su impacto.

De manera general, los servicios se organizan en tres niveles de atención que no logran articularse por completo y presentan dificultades en los mecanismos de referencia y contrarreferencia. En el primer nivel se realizan acciones de promoción de la salud, prevención de enfermedades y atención ambulatoria a la morbilidad más frecuente brindada por médicos generales y personal de enfermería. El segundo nivel de atención brinda las especialidades básicas en hospitales generales o de especialidad y cuenta con servicios de apoyo diagnóstico de imagenología y laboratorio. La atención que se brinda en el tercer nivel es especializada, de mayor complejidad y aunada a actividades de investigación clínica y básica y en este grupo se encuentran los Institutos Nacionales de Salud.