El Área de Sistemas de Salud basados en la Atención Primaria de Salud desarrolla proyectos de cooperación técnica que tratan aspectos de los sistemas y servicios integrados de salud, de las políticas públicas, economía y financiamiento  e investigación. También aborda temas relacionados con el  desarrollo de recursos humanos para la salud, así como de acceso, uso racional y regulación de medicamentos y tecnologías sanitarias. 

Estrategia de Atención Primaria de Salud Organización y gestión de Servicios de salud Respuesta ante emergencias y desastres Servicios de emergencias médicas Economía de la salud y financiamiento Legislación de salud Promoción y desarrollo de la investigación Protección social de la salud Políticas y planes de salud Análisis de sistemas y servicios de salud Calidad de la atención y seguridad del paciente

Observatorio Regional de Recursos Humanos de Salud Campus Virtual de Salud Pública Educación Médica y Residencias Médicas Educación en Enfermería Migraciones de personal de salud Programa de Líderes de Salud Internacional Programa Ampliado de Libros de Textos (PALTEX) Programa de Becas

Servicios de sangre Medicamentos esenciales y biológicos Acceso e innovación Políticas farmacéuticas Calidad y regulación de medicamentos y productos biológicos Uso racional de medicamentos y productos biológicos Red Panamericana para la Armonización de la Reglamentación Farmacéutica Fondo Estratégico Radiología y radioprotección Infraestructura física y tecnología de servicios de salud