Se enfoca a apoyar al país en el desarrollo de actividades de prevención, detección temprana, diagnóstico, tratamiento, control y eliminación de las enfermedades transmisibles y no transmisibles que afectan a la población. Así como desarrollar y fortalecer el sistema de información epidemiológica, que permita contar con información objetiva, oportunidad y de calidad para la toma de decisiones.  

Líneas de trabajo:

Enfermedades transmisibles

• Fortalecimiento de las capacidades nacionales de alerta y respuesta requeridas en el Reglamento Sanitario Internacional – RSI.
• Realizar con el país la evaluación de la capacidad básica de vigilancia y respuesta requeridas en    el RSI
• Desarrollo de programas integrales de nutrición ante la epidemia del VIH/SIDA y otras enfermedades.
• Desarrollo e implementación del plan nacional de prevención y control de la gripe pandémica.
• Mejora de la capacidad de manipulación segura de agentes patógenos en los laboratorios.
• Estrategia nacional de gestión integrada de prevención y control del dengue.
• Actualización y monitoreo de la estrategia para el control de la malaria a nivel nacional y local. Así como la actualización e implementación de normas para el diagnóstico y acceso a antimaláricos
• Mantenimiento de la garantía de la calidad de la sangre donada.
• Desarrollo de la estrategia de Atención Integral de las Enfermedades Prevalentes de la Infancia -AIEPI- con énfasis en la salud neonatal.
• Fortalecimiento y mantenimiento de los logros alcanzados en el programa de inmunizaciones y apoyo en la toma de decisiones para la introducción de nuevas vacunas. 

Enfermedades NO Transmisibles

• Fortalecer y mejorar junto al país el sistema de información de las Enfermedades Crónicas No Transmisibles –ECNT– y sus factores de riesgo.
• Establecimiento de un sistema de vigilancia de las Enfermedades Crónicas No Transmisibles –ECNT– y sus factores de riesgo, usando la metodología STPEs.
• Generar información sobre factores de riesgo para incluirla en la base de datos regional de NCD INFObase. 

Sistema de Vigilancia

• Fortalecimiento del sistema de vigilancia de la salud.
• Generación de los datos desglosados por género, etnia y grupos e edad.
• Análisis, difusión y utilización de la información para la toma de decisiones.
• Fortalecimiento del sistema de vigilancia de la desnutrición crónica
• Mantener y mejorar el sistema de información de VIH/SIDA, tuberculosis y malaria
• Fortalecimiento y mejora del sistema de información de seguridad vial.
• Fortalecimiento del sistema de información en salud mental