A organização do trabalho da Representação da OPAS/OMS no Brasil deve adaptar-se aos novos desafios da cooperação técnica, visando ao contínuo melhoramento dos níveis de eficácia e eficiência. Diante do aumento da complexidade das diversas áreas, a cooperação deve responder adequadamente aos seguintes componentes:
-  Plano de Desenvolvimento Integral da Cooperação Técnica da OPAS/OMS no Brasil 2007-2012;
-  Programa Mais Saúde do Brasil 2008-2011;
-  Cooperação do Brasil no plano da saúde pública internacional e
- Compromissos do país com os objetivos regionais e globais aprovados pelos Países Membros da Organização.

Um dos instrumentos de trabalho utilizados para consolidar as ações de Cooperação Técnica da OPAS/OMS no Brasil são os  TC - Termos de Cooperação Técnica.