O Programa de Cooperação Internacional em Saúde visa promover o desenvolvimento de conhecimentos e o intercâmbio de experiências  e tecnologias para enfrentar os problemas de saúde que representam prioridades ou interesses comuns entre o Brasil e outros países membros da OPS/OMS, com prioridade para América do Sul e África lusófona, apontando para o desenvolvimento solidário em torno das Metas de Desenvolvimento do Milênio. Suas prioridades estão alinhadas com a Estratégia de Cooperação Técnica da OPAS/OMS com o Brasil para o período 2008-2012.